Набор для подготовки библиотек NGS, разработанный специально для платформы высокопроизводительного секвенирования Illumina. Вторая версия набора позволяет значительно уменьшить долю прочтений в библиотеке FFPE образцов ДНК с высокой производительностью и повысить надежность обнаружения однонуклеотидных вариаций (SNV). Этот набор объединяет фрагментацию ДНК, репарацию концов и достройку к ним dA-хвостов в один этап.

Состав набора:

Компонент		Объем компонента, мкл
		ND627-01 (24 реакции)	ND627-02 (96 реакций)
FEA Buffer V2		120	480
FEA Enzyme Mix V2		240	960
Rapid Legation Buffer V2		600	4×600
Rapid DNA Ligase V2		120	480
VAHTS HiFi Amplification mix		600	4×600
PCR Primer Mix 3 for Illumina		120	480
Neutralization Buffer		120	480
Control DNA (100 нг/мкл)		10	10

Хранение компонентов набора: при – 20... – 15 °С в течении 18 месяцев, транспортировка при температуре ниже 0 °С.

Набор предназначен для подготовки NGS библиотек на платформе секвенирования Illumina. Приготовление библиотек с помощью набора LIB Display состоит из двух этапов. В ходе первого этапа происходит Т–А лигирование Y-адаптеров с фрагментами исследуемой ДНК. На втором этапе проводят обогащение продуктов реакции методом ПЦР. Дальнейший анализ полученной библиотеки проводится методом NGS на платформах Illumina с использованием соответствующих реагентов.

В состав данного набора реагентов не входят Y-адаптеры с индексами. Для проведения этапа лигирования рекомендуется использовать набор адаптеров ADP Display. Возможно использование наборов от других производителей, в основе которых лежит принцип Т–А лигирования.

Преимущества набора LIB Display

• Небольшое количество исходного материала ДНК, нг – 10-100;
• получение библиотек за 4 часа;
• возможность использования с любыми наборами адаптеров, ориентированных на принцип Т-А лигирования;
• удобные протоколы-получение готовых библиотек в 2 этапа.

Состав набора

Наименование реагента	Пробирка, шт.	Цвет крышки пробирки		Номинальный объем, мкл
				На 8 реакций	На 24 реакции	На 96 реакций
Смесь ферментов А	1		Синий	32	96	384
Смесь ферментов Б	1		Красный	8	24	96
Буфер А	1		Зеленый	48	144	576
Буфер Б	1		Желтый	40	120	480
Смесь праймеров	1		Черный	16	48	192
Вода для ПЦР	1		Белый	400	800	1900

Хранение компонентов набора: от - 18 до - 20 °С в течении 12 месяцев.

Транспортирование: при температуре не выше - 18 °С.

Набор предназначен для подготовки NGS библиотек на высокопроизводительной платформе секвенирования Illumina. Компоненты 3 версии набора оптимизированы для более высокой скорости преобразования матричной ДНК (от 100 пг) в библиотеку NGS. Время реакции составляет всего 45 минут. Набор позволяет исследовать фрагментированную ДНК, вкДНК, ДНК из FFPE образцов и др. Все компоненты набора проходят строгий контроль качества и функциональную проверку, что в максимальной степени обеспечивает стабильность и воспроизводимость построения библиотеки.

Состав набора:

Компонент		Объем компонента, мкл
		ND607-01 (24 реакции)	ND607-02 (96 реакций)
	End Prep Mix 4	360	4×360
	Rapid Legation Buffer 2	600	4×600
	Rapid DNA Ligase	120	480
	VAHTS HiFi Amplification mix	600	4×600
	PCR Primer Mix 3 for Illumina	120	480
	Control DNA (264 п.о., 50 нг/мкл)	10	10

Хранение компонентов набора: при – 20 °С в течении 12 месяцев.

• Анализ 3’-нетранслируемых областей и исследование альтернативного полиаденилирования;
• требуемое количество РНК — от 10 нг;
• можно использовать на деградированной РНК (например, из FFPE-образцов);
• методика включает стадию удаления глобиновой мРНК;
• анализ данных осуществляется на платформе Bluebee genomics с бесплатным доступом;
• можно секвенировать одновременно до 9216 образцов по методу одиночных прочтений.

Наборы QuantSeq 3’ mRNA-Seq предназначены для получения Illumina-совместимых библиотек из поли-А РНК. Протокол занимает около 4,5 часов.

Особенность методики — получение только одного фрагмента с одного транскрипта, что даёт возможность оценить уровень экспрессии с высокой точностью. При этом секвенируются последовательности в непосредственной близости от 3’-конца мРНК.

Наборы QuantSeq доступны как для транскриптов с прямой цепи (FWD), так и для обратной цепи (REV). Обе версии обеспечивают высокую специфичность по отношению к направлению цепи.

В состав набора QuantSeq REV входит олиго-дТ праймер, вводящий линкерную последовательность Read 1 в состав синтезируемой цепи. Этой последовательности комплементарен праймер CSP (Custom Sequencing Primer), входящий в набор и дающий последовательность, соответствующую кДНК. Библиотеки, полученные с помощью QuantSeq REV, можно секвенировать по методу парных прочтений (paired-end).

В состав набора входят магнитные частицы для очистки библиотек, что делает возможным автоматизацию процесса.

Мультиплексирование до 96 образцов обеспечивается с помощью индексов i7, входящих в набор. Дополнительно можно использовать набор индекcов i5 (каталожный номер 047), в итоге можно объединить в библиотеке до 9216 образцов.

В качестве стартового материала используется суммарная РНК, обогащение полиА-транскриптами происходит за счёт олиго-дТ праймеров.

• Анализ экспрессии всего спектра генов;
• выгодная альтернатива РНК-микрочипам и стандартному РНК-секвенированию;
• требуемое количество РНК — от 100 пг;
• можно использовать на деградированной РНК (например, из FFPE-образцов);
• методика включает стадию удаления глобиновой мРНК;
• анализ данных осуществляется на платформе Bluebee genomics с бесплатным доступом;
• можно секвенировать одновременно до 9216 образцов по методу одиночных прочтений;
• для мультиплексирования доступны парное индексирование и уникальные молекулярные идентификаторы.

Наборы QuantSeq 3’ mRNA-Seq предназначены для получения Illumina-совместимых библиотек из поли-А РНК. Протокол занимает около 4,5 часов.


Особенность методики — получение только одного фрагмента с одного транскрипта, что даёт возможность оценить уровень экспрессии с высокой точностью. При этом секвенируются последовательности в непосредственной близости от 3’-конца мРНК.


Наборы QuantSeq доступны как для транскриптов с прямой цепи (FWD), так и для обратной цепи (REV). Обе версии обеспечивают высокую специфичность по отношению к направлению цепи.


В состав набора QuantSeq FWD входит праймер для синтеза второй цепи, содержащий линкерную последовательность Read 1. Эта последовательность обеспечивает генерацию ридов при секвенировании в направлении 3’-конца, т.е. соответствующих прямой последовательности мРНК. Более длинные риды дают более полную последовательность 3’-концов.

Не рекомендуется секвенировать библиотеки QuantSeq FWD по методу парных прочтений (paired-end), так как линкерная последовательность Read 2 начинается с поли-Т, а гомополимеры снижают качество ридов.


В состав набора входят магнитные частицы для очистки библиотек, что делает возможным автоматизацию процесса.

Мультиплексирование до 96 образцов обеспечивается с помощью индексов i7, входящих в набор. Дополнительно можно использовать набор индекcов i5 (каталожный номер 047), в итоге можно объединить в библиотеке до 9216 образцов. В набор QuantSeq 3‘ mRNA-Seq Library Prep Kit (FWD) HT кроме i7, включены индексы i5 (5001-5004).

В качестве стартового материала используется суммарная РНК, обогащение полиА-транскриптами происходит за счёт олиго-дТ праймеров.

Набор для приготовления библиотек для секвенирования определённой (+ или -) цепи мРНК, включающий все необходимые компоненты.

Эти библиотеки предназначены для следующих задач:

• построение точного экспрессионного профиля;
• секвенирование транскриптома;
• выявление и количественная оценка антисмысловых транскриптов и перекрывающихся генов.

С помощью набора SENSE можно получать библиотеки для секвенирования на платформе Illumina (также имеется аналогичный набор для Ion Torrent). Исходным материалом для получения библиотек является суммарная РНК. В состав набора входят индексы i7 (7001-7096) для бар-кодирования, а также предусмотрена возможность использования четырёх внешних индексов i5 (Dual Indexing Add-on Kit, Cat. No. 047). Это позволяет объединять до 384 образцов в одну библиотеку. Всего доступно 9216 комбинаций для секвенирования на платформе Illumina.
В состав набора входят все необходимые компоненты для подготовки библиотеки:

• набор реагентов для получения библиотеки;
• комплект для обогащения мРНК Poly(A) RNA Selection Kit;
• набор индексов для бар-кодирования Lexogen i7 6 nt Index Set (7001-7008, 7001-7024 или 7001-7096, в зависимости от размеров набора);
• набор с магнитными частицами для очистки РНК;
• дополнительные реагенты не требуются.

При получении библиотеки с помощью наборов SENSE используется технология замещения цепи stop/ligation. В отличие от технологии переключения цепи в протоколах с фрагментацией, эта технология даёт минимальное количество антисмысловых артефактов, что делает наборы SENSE незаменимыми при цепь-специфичном секвенировании РНК и выявлении антисмысловых транскриптов.

Входящий в набор Poly(A) RNA Selection Kit (его можно также приобрести отдельно) обеспечивает эффективную элиминацию рибосомальной РНК. Доля ридов рРНК составляет не более 0.001%.

Набор позволяет эффективно захватывать все подтипы РНК для составления единой библиотеки, даже при работе с образцами небольшой массы и невысокого качества:

• идеален для количественно малых и сложных образцов;
• валидирован на FFPE образцах и других образцах низкого качества;
• оптимизированный протокол (время выполнения менее 4 часов);
• интегрирован с ПО анализа данных SeqSense NGS Data Analysis Software в единую биоинформационную систему;
• совместим со всеми платформами для секвенирования Illumina.

Для получения оптимальных результатов мультиплексного секвенирования для работы с набором предназначены высококачественные уникальные парные праймеры с двойным индексированием (предлагаются в вариантах на 12 или 96 UDI-праймеров).

Продукт доступен до 31.12.2019.

Набор для приготовления цепь-специфичных библиотек для секвенирования РНК, включающий все необходимые компоненты. Библиотеки предназначены для следующих задач:

• построение точного экспрессионного профиля;
• секвенирование транскриптома;
• выявление и количественная оценка антисмысловых транскриптов и перекрывающихся генов.

При получении библиотеки с помощью наборов SENSE используется технология замещения цепи stop/ligation. В отличие от технологии переключения цепи в протоколах с фрагментацией, эта технология даёт минимальное количество антисмысловых артефактов, что делает наборы SENSE незаменимыми при цепь-специфичном секвенировании РНК и выявлении антисмысловых транскриптов. Специфичность при секвенировании достигает 99.9%.

С помощью набора SENSE можно получать библиотеки для секвенирования только на платформе Illumina. Исходным материалом для получения библиотек является РНК после удаления рибосомальной РНК или обогащения поли-А+. Для удаления рибосомальной РНК из образца можно использовать RiboCop rRNA Depletion Kit.

Для работы с набором предлагаются два протокола - для интактной РНК и деградированной РНК (например, из FFPЕ-образцов). В состав набора входят все необходимые компоненты для подготовки библиотеки:

• набор реагентов для получения библиотеки;
• набор индексов для бар-кодирования Lexogen i7 6 nt Index Set (7001-7008, 7001-7024 или 7001-7096, в зависимости от размеров набора);
• набор с магнитными частицами для очистки РНК.

Для мультиплексирования образцов в состав набора включен комплект баркодов Lexogen i7 6 nt Index Set (7001-7096). Предусмотрена возможность создания мультиплексной библиотеки, включающей до 384 образцов. Для этого рекомендуется двойное индексирование с помощью набора Lexogen i5 6 nt Dual Indexing Add-on Kit.

Набор для подготовки библиотек NGS, специально оптимизированный для высокопроизводительной платформы секвенирования Ion Torrent. Новая версия набора значительно увеличивает скорость преобразования и выход амплифицированной библиотеки за счет улучшения модуля восстановления концов, модуля лигирования и модуля амплификации библиотеки. Набор применим для подготовки библиотек NGS из различных образцов.

Состав набора:

Компонент		Объем компонента, мкл
		ND702-01 (24 реакции)	ND702-02 (96 реакций)
VAHTS End Prep Enzyme		120	480
VAHTS End Prep Buffer		240	2×480
Rapid Legation Buffer V2		600	4×600
VAHTS Ligation Enzyme Mix V2		24	96
VAHTS HiFi Amplification mix V3		600	4×600
PCR Primer Mix for Ion Torrent		120	480
Control DNA (264 п.о., 50 нг/мкл)		10	10

Хранение компонентов набора: при – 20... – 15 °С в течении 18 месяцев, транспортировка при температуре ниже 0 °С.

Набор предназначен для создания NGS библиотек на платформе высокопроизводительного секвенирования BGI. В набор входят двойные адаптеры, представляющие собой уникальные молекулярные идентификаторы (Unique Molecular Identifiler, UMI) из 5-6 нуклеотидов, а также смесь пар уникальных праймеров (Unique Dual Barcode Primer, UDB Primer). Набор незаменим для создания библиотек ДНК с двусторонним индексированием, состоящих из нескольких образцов, без перекрестных помех и с возможностью обнаружения низкочастотных мутаций. Набор подходит для исследования таких образцов как геномная ДНК, вкДНК, ДНК, полученная из FFPE образцов и др.

Состав набора:

Компонент

Объем, мкл

NM35101

NM35102

NM35103

NM35104

NM35105

NM35106

NM35107

NM35108

N351-01

N351-02

N351-03

N351-04

VAHTS UDB Primer for MGI UDB 001 - 024

20*

VAHTS UDB Primer for MGI UDB 025 - 048

20*

VAHTS UDB Primer for MGI UDB 049 - 072

20*

VAHTS UDB Primer for MGI UDB 073 - 096

20*

VAHTS UDB Primer for MGI UDB 097 - 0120

20*

VAHTS UDB Primer for MGI UDB 121 - 144

20*

VAHTS UDB Primer for MGI UDB 145 - 168

20*

VAHTS UDB Primer for MGI UDB 169 - 192

20*

VAHTS UDI Primer for Illumina (UDI 001 - 024)

20*

VAHTS UDI Primer for Illumina (UDI 025 - 048)

20*

VAHTS UDI Primer for Illumina (UDI 049 - 072)

20*

VAHTS UDI Primer for Illumina (UDI 073 - 096)

20*

VAHTS Dual UMI Adapters for MGI UDB

480

480

480

480

480

480

480

480

480

480

480

480

* - объем указан для каждой пары праймеров;

концентрация VAHTS UDB Primer и VAHTS Dual UMI Adapters – 10 мкМ.

Хранение компонентов набора: при – 30... – 15 °С в течении 18 месяцев, транспортировка при температуре ниже 0 °С.

Наборы Holotype HLA — это современное решение для диагностики и определения человеческих лейкоцитарных антигенов (HLA). Они работают на основе метода секвенирования следующего поколения (NGS) на платформах Illumina и GeneMind. Эти наборы реагентов сочетают в себе высокую точность и удобство использования, позволяют получить информацию о гистосовместимости 5, 7, 11 локусов HLA в зависимости от типа набора. Материал для исследования — образцы геномной ДНК человека.

Подготовка образцов

• Анализ по 5 (А, В, С, DRB1, DQB1), 7 (А, В, С, DRB1, DQB1, DPB1, DQA1) или 11 (А, В, С, DRB1, DQB1, DPB1, DQA1, DRB3, DRB4, DRB5, DPA1) локусам HLA;
• для амплификации 11 локусов требуется менее 0,8 мкг ДНК;
• исходный материал — периферическая кровь, слюна, буккальный эпителий;
• одновременная загрузка до 288 образцов на стандартной проточной ячейке в 300 циклов с плотностью кластеров до 1000 K/mm².

Подготовка библиотеки

• Подготовка библиотеки для 24 образцов занимает 4 часа практического времени;
• получение результатов менее чем за 48 часов;
• библиотеки Holotype можно комбинировать с другими библиотеками, это позволит оптимизировать затраты на процесс секвенирования.

Секвенирование

• Секвенирование проводят на платформах Illumina: MiniSeq, MiSeq, iSeq и NextSeq, и на платформе GeneMind: FASTASeq 300;
• наборы совместимы с проточными ячейками любого размера в зависимости от необходимой пропускной способности;
• поддерживается химия на 300 и 500 циклов.

Анализ данных с помощью программного обеспечения HLA TWIN

• Полностью автоматизированный анализ после запуска секвенирования на платформе Illumina и GeneMind;
• время анализа образца из 11 локусов менее 5 минут с рекомендуемыми характеристиками;
• два независимых алгоритма генотипирования;
• 24 показателя контроля качества для получения достоверных результатов;
• сбалансированное покрытие между аллелями в локусе, между локусами в образце и среди образцов;
• глубокое и равномерное покрытие по всей длине целевого региона.

Технические характеристики Набора Holotype HLA 96/7

• Набор Holotype HLA 96/7 содержит все необходимые праймеры и реагенты, а также 96-луночный планшет для подготовки библиотеки;
• один набор рассчитан на анализ 96 образцов;
• типирование по 7 локусам HLA — I класса (A, B и C) и II класса (DPB1, DQA1, DQB1 и DRB1);
• набор Holotype HLA 96/7 может быть выполнен в одной из 3-х конфигураций, A, B, C, отличающихся идентификационными номерами лунок в планшете для подготовки библиотек. В конфигурации A стандартная идентификация от 1 до 96, в В — от 97 до 192, в С — от 193 до 288. Совместное использование 3-х конфигураций набора позволяет одновременно проанализировать до 288 образцов;
• ПО в комплекте;
• наличие регистрационного удостоверения МИ (РЗН 2024/23361).

Наборы Holotype HLA — это современное решение для диагностики и определения человеческих лейкоцитарных антигенов (HLA). Они работают на основе метода секвенирования следующего поколения (NGS) на платформах Illumina и GeneMind. Эти наборы реагентов сочетают в себе высокую точность и удобство использования, позволяют получить информацию о гистосовместимости 5, 7, 11 локусов HLA в зависимости от типа набора. Материал для исследования — образцы геномной ДНК человека.

Подготовка образцов

• Анализ по 5 (А, В, С, DRB1, DQB1), 7 (А, В, С, DRB1, DQB1, DPB1, DQA1) или 11 (А, В, С, DRB1, DQB1, DPB1, DQA1, DRB3, DRB4, DRB5, DPA1) локусам HLA;
• для амплификации 11 локусов требуется менее 0,8 мкг ДНК;
• исходный материал — периферическая кровь, слюна, буккальный эпителий;
• одновременная загрузка до 288 образцов на стандартной проточной ячейке в 300 циклов с плотностью кластеров до 1000 K/mm².

Подготовка библиотеки

• Подготовка библиотеки для 24 образцов занимает 4 часа практического времени;
• получение результатов менее чем за 48 часов;
• библиотеки Holotype можно комбинировать с другими библиотеками, это позволит оптимизировать затраты на процесс секвенирования.

Секвенирование

• Секвенирование проводят на платформах Illumina: MiniSeq, MiSeq, iSeq и NextSeq, и на платформе GeneMind: FASTASeq 300;
• наборы совместимы с проточными ячейками любого размера в зависимости от необходимой пропускной способности;
• поддерживается химия на 300 и 500 циклов.

Анализ данных с помощью программного обеспечения HLA TWIN

• Полностью автоматизированный анализ после запуска секвенирования на платформе Illumina и GeneMind;
• время анализа образца из 11 локусов менее 5 минут с рекомендуемыми характеристиками;
• два независимых алгоритма генотипирования;
• 24 показателя контроля качества для получения достоверных результатов;
• сбалансированное покрытие между аллелями в локусе, между локусами в образце и среди образцов;
• глубокое и равномерное покрытие по всей длине целевого региона.

Технические характеристики Набора Holotype HLA 96/5

• Набор Holotype HLA 96/5 содержит все необходимые праймеры и реагенты, а также 96-луночный планшет для подготовки библиотеки;
• один набор рассчитан на анализ 96 образцов;
• типирование по 5 локусам HLA — I класса (A, B и C) и II класса (DRB1, DQB1);
• набор Holotype HLA 96/5 может быть выполнен в одной из 3-х конфигураций, A, B, C, отличающихся идентификационными номерами лунок в планшете для подготовки библиотек. В конфигурации A стандартная идентификация от 1 до 96, в В — от 97 до 192, в С — от 193 до 288. Совместное использование 3-х конфигураций набора позволяет одновременно проанализировать до 288 образцов;
• ПО в комплекте;
• наличие регистрационного удостоверения МИ (РЗН 2024/23361).

Наборы Holotype HLA — это современное решение для диагностики и определения человеческих лейкоцитарных антигенов (HLA). Они работают на основе метода секвенирования следующего поколения (NGS) на платформах Illumina и GeneMind. Эти наборы реагентов сочетают в себе высокую точность и удобство использования, позволяют получить информацию о гистосовместимости 5, 7, 11 локусов HLA в зависимости от типа набора. Материал для исследования — образцы геномной ДНК человека.

Подготовка образцов

• Анализ по 5 (А, В, С, DRB1, DQB1), 7 (А, В, С, DRB1, DQB1, DPB1, DQA1) или 11 (А, В, С, DRB1, DQB1, DPB1, DQA1, DRB3, DRB4, DRB5, DPA1) локусам HLA;
• для амплификации 11 локусов требуется менее 0,8 мкг ДНК;
• исходный материал — периферическая кровь, слюна, буккальный эпителий;
• одновременная загрузка до 288 образцов на стандартной проточной ячейке в 300 циклов с плотностью кластеров до 1000 K/mm².

Подготовка библиотеки

• Подготовка библиотеки для 24 образцов занимает 4 часа практического времени;
• получение результатов менее чем за 48 часов;
• библиотеки Holotype можно комбинировать с другими библиотеками, это позволит оптимизировать затраты на процесс секвенирования.

Секвенирование

• Секвенирование проводят на платформах Illumina: MiniSeq, MiSeq, iSeq и NextSeq, и на платформе GeneMind: FASTASeq 300;
• наборы совместимы с проточными ячейками любого размера в зависимости от необходимой пропускной способности;
• поддерживается химия на 300 и 500 циклов.

Анализ данных с помощью программного обеспечения HLA TWIN

• Полностью автоматизированный анализ после запуска секвенирования на платформе Illumina и GeneMind;
• время анализа образца из 11 локусов менее 5 минут с рекомендуемыми характеристиками;
• два независимых алгоритма генотипирования;
• 24 показателя контроля качества для получения достоверных результатов;
• сбалансированное покрытие между аллелями в локусе, между локусами в образце и среди образцов;
• глубокое и равномерное покрытие по всей длине целевого региона.

Технические характеристики Набора Holotype HLA 24/7

• Набор Holotype HLA 24/7 содержит все необходимые праймеры и реагенты, а также 24-луночный планшет для подготовки библиотеки;
• один набор рассчитан на анализ 24 образцов;
• типирование по 7 локусам HLA — I класса (A, B и C) и II класса (DPB1, DQA1, DQB1 и DRB1);
• набор Holotype HLA 24/7 может быть выполнен в одной из 4-х конфигураций, A1, A2, A3, A4, отличающихся идентификационными номерами лунок в планшете для подготовки библиотек. В конфигурации A1 стандартная идентификация от 1 до 24, в А2 – от 25 до 48, в А3 — от 49 до 72, в А4 — от 73 до 96. Совместное использование 4-х конфигураций набора позволяет одновременно проанализировать до 96 образцов;
• ПО в комплекте;
• наличие регистрационного удостоверения МИ (РЗН 2024/23361).

BluePippin — система препаративного электрофореза и пульс-электрофореза, позволяет разделять и выделять фрагменты НК, размером 90-50000 п.н., а так же белки массой 18-200 кДа.

• Одновременный прогон до 5 образцов;
• напряжение при электрофорезе, В — 25, 100 и 150 (постоянный ток), или 100 в режиме пульс-электрофореза;
• ток (на каждую дорожку), мА — 2 или 3;
• длина волны возбуждения, нм — 470;
• длина детекции, нм — 525;
• максимальная нагрузка фрагментированной геномной ДНК на дорожку, мкг — 5;
• минимальная нагрузка фрагментированной геномной ДНК на дорожку, нг — 15;
• размер ДНК - 100 bp - 50 kb;
• точность выделения, % - > 93;
• воспроизводимость выделения, % - > 92;
• минимальное распределение по размерам, % - 8;
• выход образца, % - 50-80;
• габариты, ШхГхВ, см — 28х53х18;
• вес, кг — 7.

Области применения:

• приготовление библиотек при проведении NGS на секвенаторах ДНК HiScan SQ, HiSeq 2000, MiSeq (Illumina);
  5500 xl W, 5500w, Ion Torrent IonProton, Ion Torrent PGM (Life Technologies);
  GS FLX+, GS Junior (Roche);
• подготовка образов для парноконцевого секвенирования, ChIP-секвенирования;
• улучшение библиотек при проведении эмульсионной ПЦР с помощью систем QX100 и QX200 с автоматической системой генерации капель (Bio-Rad);
• выделение НК и белков.

Принцип работы: в системе используются готовые картриджи на пять изолированных капилляров, заполненных агарозным гелем разной процентной концентрации, которая выбирается пользователем в зависимости от величины фрагмента образца. В конце каждого капилляра имеется Y-образное разветвление. Оба выходящих капилляра имеют независимое подключение к катодам. Движение фрагментов ДНК в капилляре как и в «классической» методике происходит под действием тока, но при приближении фрагментов ДНК требуемого размера к месту разветвления, происходит переключение катодов, и искомый фрагмент попадает в боковое ответвление капилляра и собирается в канале для сборки. Для проведения электрофореза нуклеиновых кислот используется Tris-TAPS (или Трис-ТАПС) буфер, для белков — SDS-буфер. Программное обеспечение определяет время элюирования на основе миграции ДНК-маркера.

4 режима программирования:

1. Tight (узкий) – сбор коротких фрагментов образца, выбирается в основном для работы с молекулами небольших размеров.
2. Range (диапазон) – пользователь может сам выбрать диапазон размера фракций который ему необходим. Подход используется, когда не важна высокая точность исследования.
3. Time (время) – коллекционирование образцов происходит в зависимости от заданного времени. Подход используется, когда не важна высокая точность исследования.
4. Peak (пик) – сбор пиков (нескольких фрагментов разного размера).

3 стратегии детектирования фракций:

• Для ДНК малых размеров (90 п.н. -1,5 тыс.п.н.):
  Стратегия без окрашивания с внутренними флуоресцентно-мечеными маркерами. В качестве внутренних стандартов используются флуоресцентно-меченые маркеры ДНК, определенной молекулярной массы. Добавляются в лунку совместно с исследуемым образцом. Одновременно возможен анализ 5 образцов.
• Для ДНК больших размеров (> 2 тыс. п.н.):
  Стратегия без окрашивания с внешним флуоресцентно-меченым маркером. В качестве внешнего стандарта используется флуоресцентно-меченый маркер ДНК определённой молекулярной массы, добавляется в отдельную лунку. Одновременно возможен анализ 4 образцов + 1 внешний стандарт.
• Для выделения ДНК с дорожки (band capture) (> 2 тыс. п.н.):
  Окрашивание образцов флуоресцентным красителем Midori Green. Образцы окрашиваются флуоресцентным красителем Midori Green. Одновременно возможен анализ 4 образцов + 1 внешний стандарт.

Преимущества метода:

• Время подготовки — 3 минуты, время проведения самой процедуры — 50-100 мин в зависимости от размеров фрагментов.
• Благодаря готовым гелевым чипам достигается максимальная воспроизводимость экстракции и, как следствие, более точный результат секвенирования.
• Каналы, в которых идёт разгонка, полностью изолированы друг от друга, что снижает риск перекрёстной контаминации.
• Отбор осуществляется, автоматически в соответствии с заданным через ПО диапазоном длин фрагментов, что может использоваться для секвенирования спаренных концов.
• Отбор образцов из пробоотборной камеры производится вручную с помощью стандартного дозатора.

Схема работы:

1. Пробоподготовка:
• Подготовка материала, если используются внутренние стандарты: образец ДНК довести до 30 мкл ТЕ буфером, добавить 10 мкл флуоресцентно - меченного маркера.
• Подготовка материала, если используется внешний стандарт: образец ДНК довести до 30 мкл ТЕ буфером, добавить 10 мкл загрузочного раствора. 40 мкл готового стандарта помещается в отдельную дорожку.
• В случае с красителем Midori Green, 40 мкл красителя помещается в каждую из пяти + буферную камеру и при включении тока будет двигаться на встречу образцам.
2. Эксперимент:
• Выбираем картридж в соответствии со стратегией, с помощью которой будет производиться детектирование НК;
• помещаем картридж в прибор и выбираем её в ПО из списка предложенных программой (ПО само установит все необходимые параметры для проведения электрофореза под выбранный картридж);
• По истечении времени, заданного программой, образец аккуратно собираем из коллектора фракций пипеточным дозатором.

Информация о свежих статьях:

1. Nature Methods. Assembly and diploid architecture of an individual human genome via single-molecule technologies (июнь, 2015); Authors: Matthew Pendleton, Robert Sebra, Andy Wing Chun Pang, Ajay Ummat et al.
2. BioTechniques. Optimization and cost-saving in tagmentation-based mate-pair library preparation and sequencing. (май, 2015) DOI:10.1038/nmeth.3454; Authors: Kaori Tatsumi, Osamu Nishimura, Kazu Itomi, Chiharu Tanegashima, and Shigehiro Kuraku.

Видео:
Системы препаративного электрофореза BluePippin и Pippin Prep

Для проведения пульс-электрофореза применяется специальный источник питания Pippin Pulse.

S100 — это настольный секвенатор, отличающийся компактным размером, интуитивно понятным управлением, высокой точностью секвенирования, гибкостью адаптации к различным сценариям и широким спектром выполняемых задач. Единственный прибор для массового параллельного секвенирования, в котором внедрен алгоритм коррекции ошибок (Error Correction Code), что позволяет повысить точность секвенирования в 10 раз.

Генерации кластеров ДНК и секвенирование осуществляются в одном приборе, без выполнения ручных операций. Два режима секвенирования: сверхбыстрый (BitSeq), подходящий для определения количественной структуры цепи (делеции, дупликации, небольшие CNV) и сверхточный (ECC), подходящий и для детекции низкочастотных вариантов.

Для удобства управления системой имеется встроенный сенсорный экран. Секвенатор также имеет полный набор программного обеспечения (с возможностью обновления) для управления системой и первичной обработки данных и встроенный аппаратный модуль для ускорения вычислений.

Основные применения секвенатора S100

• Таргетное секвенирование (ампликоны, панели генов);
• секвенирование транскриптомов;
• метагеномное секвенирование;
• детекция низкочастотных вариантов;
• анализ степени метилирования ДНК;
• анализ ДНК-белковых взаимодействий;
• секвенирование свободно-циркулирующей ДНК;
• НИПТ, ПГТ-А;
• секвенирование экзома;
• полноэкзомное секвенирование.

Характеристики секвенатора S100

• Количество рабочих ячеек секвенатора, шт. — 1;
• возможность управления прибором с помощью сенсорного экрана;
• максимальное количество прочтений на одну ячейку, млн — 100 и 200;
• максимальная производительность за один полный запуск прибора, Гб — 30;
• поддержка одноконцевых и парноконцевых прочтений;
• максимальная длина считываемого фрагмента ДНК при чтении с одного конца, нуклеотидов —150;
• максимальная длина считываемого фрагмента ДНК при парноконцевом чтении, нуклеотидов — 300;
• совместимость с библиотеками для секвенирования на платформах Illumina, Ion Torrent;
• средняя точность прочтения по результатам всего запуска (Q40) больше 80% оснований с точностью прочтения 99,99%;
• требования к сети — 220 В; 50 Гц;
• габаритные размеры (Ш×Г×В), мм — 550×650×650;
• вес инструмента, кг ≤ 80.

Комплектация:

• секвенатор;
• стартовый набор для инсталляции и обучения;
• источник бесперебойного питания;
• управляющий ПК (Операционная система — Windows 10 Pro, CPU：2,4 GHz*2. Память: 128 GB; Hard Disk 1 TB;
• монтаж, пуско-наладка, инструктаж персонала на рабочем месте;
• гарантийное обслуживание 12 месяцев (возможна покупка дополнительной гарантии).

Набор адаптеров предназначен для приготовления библиотек ДНК для дальнейшего секвенирования методом NGS на платформах Illumina. Использование адаптеров обеспечивает связывание исследуемых фрагментов дцДНК с поверхностью проточной ячейки секвенатора и их идентификацию. Лигирование адаптеров, содержащих уникальные последовательности (индексы), к фрагментам исследуемой дцДНК позволяет однозначно маркировать исследуемые образцы и проводить секвенирование нескольких образцов в одной проточной ячейке.

Лигирование адаптеров и дальнейшее обогащение библиотек рекомендуется проводить с помощью набора для подготовки NGS библиотек LIB Display.

Состав набора адаптеров ADP Display

Набор	Наименование реагента	Значение i	Пробирка, шт.	Номинальный объем, мкл
Набор из 8 адаптеров	Yi	От 1 до 8	8	44
	Вода для ПЦР	–	1	900
Набор из 24 адаптеров	Yi	От 1 до 24	24	44
	Вода для ПЦР	–	3	900
Набор из 96 адаптеров	Yi	От 1 до 96	96	44
	Вода для ПЦР	–	7	1550

• Набор из 8 адаптеров "ADP Display (8)" позволяет приготовить 4 библиотеки на 8 образцов, всего 32 библиотеки.
• Набор из 24 адаптеров "ADP Display (24)" позволяет приготовить 4 библиотеки на 24 образца, всего 96 библиотек.
• Набор из 96 адаптеров "ADP Display (96)" позволяет приготовить 4 библиотеки на 96 образцов, всего 384 библиотеки.

Хранение компонентов набора: от - 18 до - 20 °С в течении 12 месяцев.

Транспортирование: при температуре не выше - 18 °С.

Автономное решение для деплеции рибосомальной РНК после подготовки библиотеки. Позволяет уменьшить число фрагментов при картировании РНК, сохраняя больше фрагментов в транскриптоме.

Особенности:

• Эффективное удаление фрагментов рибосомальной РНК из библиотеки;
• идеален для небольшого количества материала и невысокого качества;
• совместимость с большинством наборов для подготовки библиотек РНК, используемых на платформах для секвенирования Illumina;
• универсальный протокол позволяет выполнять деплецию РНК из нескольких библиотек в рамках одной реакции.

Двойные индексированные праймеры SEQuoia представляют собой высококачественные, готовые к использованию пары праймеров с индексами i5 и i7, которые предназначены для использования с наборами для подготовки библиотек SEQuoia Complete Stranded RNA Library для создания библиотек для мультиплексного секвенирования с использованием платформ Illumina. Нуклеотидная последовательность каждого набора праймеров сбалансирована для достижения оптимальных результатов мультиплексного секвенирования.

Планшет содержит 96 уникальных адаптеров с двойным индексом, расположенных вдоль колонок в 96-луночном планшете для ПЦР.

Двойные индексированные праймеры SEQuoia представляют собой высококачественные, готовые к использованию пары праймеров с индексами i5 и i7, которые предназначены для использования с наборами для подготовки библиотек SEQuoia Complete Stranded RNA Library для создания библиотек для мультиплексного секвенирования с использованием платформ Illumina. Нуклеотидная последовательность каждого набора праймеров сбалансирована для достижения оптимальных результатов мультиплексного секвенирования.

Набор содержит 12 уникальных адаптеров с двойным индексом в 12 отдельных флаконах с объемом, достаточным для восьми реакций в каждом флаконе.

Набор для приготовления библиотек для секвенирования определённой (+ или -) цепи мРНК, включающий все необходимые компоненты.

Эти библиотеки предназначены для следующих задач:

• построение точного экспрессионного профиля;
• секвенирование транскриптома;
• выявление и количественная оценка антисмысловых транскриптов и перекрывающихся генов.

Исходным материалом для получения библиотек является суммарная РНК. С помощью набора SENSE можно получать библиотеки для секвенирования на платформе Ion Torrent (аналогичный набор предлагается для платформы Illumina). Предусмотрена возможность мультиплексирования – могут использоваться инлайн-баркоды (Cat. No. 007.08 и 007.24), позволяющие объединять в одну библиотеку до 24 образцов.

В состав набора входят все необходимые компоненты для подготовки библиотеки:

• набор реагентов для получения библиотеки;
• комплект для обогащения мРНК Poly(A) RNA Selection Kit;
• набор буферов и колонок для очистки РНК;
• дополнительные реагенты не требуются.

При получении библиотеки с помощью наборов SENSE используется технология замещения цепи stop/ligation. В отличие от технологии переключения цепи в протоколах с фрагментацией, эта технология даёт минимальное количество антисмысловых артефактов, что делает наборы SENSE незаменимыми при цепь-специфичном секвенировании РНК и выявлении антисмысловых транскриптов.

Входящий в набор Poly(A) RNA Selection Kit (его можно также приобрести отдельно) обеспечивает эффективную элиминацию рибосомальной РНК. Доля ридов рРНК составляет не более 0.001%.

Набор для приготовления цепь-специфичных библиотек для секвенирования РНК, включающий все необходимые компоненты. Библиотеки предназначены для следующих задач:

• построение точного экспрессионного профиля;
• секвенирование транскриптома;
• выявление и количественная оценка антисмысловых транскриптов и перекрывающихся генов.

При получении библиотеки с помощью наборов SENSE используется технология замещения цепи stop/ligation. В отличие от технологии переключения цепи в протоколах с фрагментацией, эта технология даёт минимальное количество антисмысловых артефактов, что делает наборы SENSE незаменимыми при цепь-специфичном секвенировании РНК и выявлении антисмысловых транскриптов. Специфичность при секвенировании достигает 99.9%.

С помощью набора SENSE можно получать библиотеки для секвенирования только на платформе Illumina. Исходным материалом для получения библиотек является РНК после удаления рибосомальной РНК или обогащения поли-А+. Для удаления рибосомальной РНК из образца можно использовать RiboCop rRNA Depletion Kit.

Для работы с набором предлагаются два протокола - для интактной РНК и деградированной РНК (например, из FFPЕ-образцов). В состав набора входят все необходимые компоненты для подготовки библиотеки:

• набор реагентов для получения библиотеки;
• набор индексов для бар-кодирования Lexogen i7 6 nt Index Set (7001-7008, 7001-7024 или 7001-7096, в зависимости от размеров набора);
• набор с магнитными частицами для очистки РНК.

Для мультиплексирования образцов в состав набора включен комплект баркодов Lexogen i7 6 nt Index Set (7001-7096). Предусмотрена возможность создания мультиплексной библиотеки, включающей до 384 образцов. Для этого рекомендуется двойное индексирование с помощью набора Lexogen i5 6 nt Dual Indexing Add-on Kit.

Набор для приготовления цепь-специфичных библиотек для секвенирования РНК, включающий все необходимые компоненты. Библиотеки предназначены для следующих задач:

• построение точного экспрессионного профиля;
• секвенирование транскриптома;
• выявление и количественная оценка антисмысловых транскриптов и перекрывающихся генов.

При получении библиотеки с помощью наборов SENSE используется технология замещения цепи stop/ligation. В отличие от технологии переключения цепи в протоколах с фрагментацией, эта технология даёт минимальное количество антисмысловых артефактов, что делает наборы SENSE незаменимыми при цепь-специфичном секвенировании РНК и выявлении антисмысловых транскриптов. Специфичность при секвенировании достигает 99.9%.

С помощью набора SENSE можно получать библиотеки для секвенирования только на платформе Illumina. Исходным материалом для получения библиотек является РНК после удаления рибосомальной РНК или обогащения поли-А+. Для удаления рибосомальной РНК из образца можно использовать RiboCop rRNA Depletion Kit.

Для работы с набором предлагаются два протокола - для интактной РНК и деградированной РНК (например, из FFPЕ-образцов). В состав набора входят все необходимые компоненты для подготовки библиотеки:

• набор реагентов для получения библиотеки;
• набор индексов для бар-кодирования Lexogen i7 6 nt Index Set (7001-7008, 7001-7024 или 7001-7096, в зависимости от размеров набора);
• набор с магнитными частицами для очистки РНК.

Для мультиплексирования образцов в состав набора включен комплект баркодов Lexogen i7 6 nt Index Set (7001-7096). Предусмотрена возможность создания мультиплексной библиотеки, включающей до 384 образцов. Для этого рекомендуется двойное индексирование с помощью набора Lexogen i5 6 nt Dual Indexing Add-on Kit.

Набор для приготовления цепь-специфичных библиотек для секвенирования РНК, включающий все необходимые компоненты. Библиотеки предназначены для следующих задач:

• построение точного экспрессионного профиля;
• секвенирование транскриптома;
• выявление и количественная оценка антисмысловых транскриптов и перекрывающихся генов.

При получении библиотеки с помощью наборов SENSE используется технология замещения цепи stop/ligation. В отличие от технологии переключения цепи в протоколах с фрагментацией, эта технология даёт минимальное количество антисмысловых артефактов, что делает наборы SENSE незаменимыми при цепь-специфичном секвенировании РНК и выявлении антисмысловых транскриптов. Специфичность при секвенировании достигает 99.9%.

С помощью набора SENSE можно получать библиотеки для секвенирования только на платформе Illumina. Исходным материалом для получения библиотек является РНК после удаления рибосомальной РНК или обогащения поли-А+. Для удаления рибосомальной РНК из образца можно использовать RiboCop rRNA Depletion Kit.

Для работы с набором предлагаются два протокола - для интактной РНК и деградированной РНК (например, из FFPЕ-образцов). В состав набора входят все необходимые компоненты для подготовки библиотеки:

• набор реагентов для получения библиотеки;
• набор индексов для бар-кодирования Lexogen i7 6 nt Index Set (7001-7008, 7001-7024 или 7001-7096, в зависимости от размеров набора);
• набор с магнитными частицами для очистки РНК.

Для мультиплексирования образцов в состав набора включен комплект баркодов Lexogen i7 6 nt Index Set (7001-7096). Предусмотрена возможность создания мультиплексной библиотеки, включающей до 384 образцов. Для этого рекомендуется двойное индексирование с помощью набора Lexogen i5 6 nt Dual Indexing Add-on Kit.

Товар временно недоступен. Аналог: C100001, BiOptic.

Система Bioanalyzer 2100 использует микрофлюидную технологию LabChip, обеспечивает высокую точность результатов при минимальных объемах исследуемого образца. В системе используется два принципа анализа: электрофореза и проточной цитометрии.

• Источник света — светодиодный лазер;
• длина волны эмиссии, нм — 635;
• фотоэмиссионный детектор;
• длина волны детекции, нм — 685;
• фильтры эмиссии, нм — 488, 638 нм;
• формат — 16-луночные чипы;
• подключение к ПК — USB 2.0;
• габариты, ШхГхВ, мм — 162 × 412 × 290;
• вес, кг — 10.

Принцип работы: в системе применяют готовые чипы, заполненные агарозным гелем. Движение фрагментов ДНК в капилляре, как и в "классической" методике, происходит под действием тока. Для определения размеров НК, белков используют маркеры, окрашенные интеркалирующими и флуоресцентными красителями.

В случае применения цитометрического модуля: клеточная суспензия, предварительно меченная флюоресцирующими моноклональными антителами или флуоресцентными красителями, попадает в поток жидкости, проходящий через проточную ячейку. Условия подобраны таким образом, что клетки выстраиваются друг за другом за счет т. н. гидродинамического фокусирования струи в струе. В модуле возможно изучение зелёной и красной флуоресценции. Все результаты обрабатываются с помощью ПО 2100 Expert.

Области применения:

• приготовление библиотек при проведении NGS на секвенаторах ДНК HiScan SQ, HiSeq 2000, MiSeq (Illumina); 5500 xl W, 5500w, Ion Torrent IonProton, Ion Torrent PGM (Life Technologies); GS FLX+, GS Junior (Roche);
• подготовка образцов для парноконцевого секвенирования, ChIP-секвенирования;
• выделение белков и НК;
• контроль качества синтезированной in vitro матричной РНК, контроль чистоты выделенной РНК (RIN - RNA Integrity Number);
• определение уровня апоптоза;
• оценка жизнеспособности и пролиферации клеток;
• оценка экспрессии белков в результате связывания с антителами;
• оценка экспрессии белков с помощью зелёного флуоресцентного белка (green fluorescent protein, GFP);
• оценка эффективности трансфекции миРНК (siRNA).

Преимущества:

• система позволяет анализировать ДНК, РНК, белки, клетки с использованием одного прибора;
• чувствительность, пг/мкл — 5 (для ДНК), 50 (для РНК), 1 (для белков);
• максимальная загрузка чипа — до 12 образцов на один чип;
• объем исходного образца, мкл — 1 (для ДНК и РНК), 4 (для белков), 10 мкл (для клеток);
• время анализа, мин — 25-45, в зависимости от используемого чипа.

Комплект поставки: станция подготовки чипов Chip priming station; вортекс IKA; ПО 2100 Expert, набор для электрофореза (приобретается дополнительно), набор для проточной цитометрии (приобретается дополнительно), ПК или ноутбук (приобретается дополнительно).

Характеристики чипов:

Образцы	High Sensitivity DNA	DNA 1000	DNA 7500	DNA 12000
Диапазон размеров, п.н.	50-7000	25-1000	100-7500	100-12000
Диапазон концентраций	5-500 пкг/мкл	0,5-50 нг/мкл	0,5-50 нг/мкл	0,5-50 нг/мкл
Время анализа, мин	45	35	30	30
Число образцов	11	12	12	12

Образцы	Protein 80	Protein 230	High Sensitivity Protein 250
Диапазон размеров, кДа	5-80	14-230	10-250
Диапазон концентраций	60-2000 нг/мкл	15-2000 нг/мкл	0,3-3000 нг/мкл
Время анализа, мин	30	25	30
Число образцов	10	10	10

Образцы	Клетки
Красный канал	возбуждение – 620-645 нм; эмиссия – 674-696 нм.
Синий канал	возбуждение – 458-482 нм; эмиссия – 510-540 нм.
Минимальная клеточная пропускная способность	2,5 клетки / секунды
Минимальная плотность, кл/мл	2,0 x 10⁶
Время анализа, мин	30
Количество образцов	6
Объём образца, мкл	10 (клеток 2 x 10⁴ в мл)