Основы количественной и цифровой ПЦР. Применения в практике. Подходы к выбору технологии и реактивов. Часть 3.

• Формат OpenArray
• Готовые решения для новых задач
• Новое поколение: знают пользователя в лицо

Есть еще одно направление QuantStudio – серия приборов, которые вышли несколько раньше, чем описанные в предыдущей статье.

Это большие машины с массой порядка 70 кг и довольно крупными габаритами (занимают половину стола) QuantStudio 6, 7, 12 и DX (она же 7).

Основная особенность этих приборов – заменяемые термоблоки различных форматов. Минимальное их количество у QuantStudio 6: 96, 96F и 384, у QS-12 все пять форматов – максимально используются, в том числе OpenArray.

Самая простая машина – QuantStudio 6: пятиканальная, считывается на ней всего три формата, при этом идет быстрая смена потока образцов. Это удобно для лабораторных условий.

Если нужна большая продуктивность, стоит обратить внимание на QuantStudio 7: у этой машины 6 каналов, она пригодна для большего количества видов работ.

Основная идея всей этой серии: не нужно разбирать машину, чтобы заменять термоблоки, а просто можно вставить новый.

Наибольшая процессивность и возможности обеспечены в QuantStudio 12K Flex.

Она так названа в честь того, что использует особый формат OpenArray. Система может прочитывать все форматы от единичных пробирок до этого формата.

Здесь используются также микропроточные TaqMan Array карты – по сути это 384-луночный формат, но всего на 8 образцов: каждый делится на 48 лунок. Они не очень популярны в силу того, что сам клиент может в них быть не заинтересован, такое количество точек на один образец не всегда выбирают.

Формат OpenArray

На нем предпочитают остановиться чаще. Это металлический слайд, состоящий из 3000 лунок – точнее, 3072 микрореакторов, в каждом из которых идет своя «реал-тайм». Вот так это выглядит: металлическая пластина, перфорированная насквозь, внутри гидрофильная, снаружи гидрофобная, внутри удерживается реакционная смесь.

Этот набирающий популярность формат используется все активнее, поскольку идут массовые различные популяционные скрининги, люди работают с фармакогенетикой, с большим количеством экспрессионных конструкций, чтобы посмотреть профиль экспрессии или профиль микроРНК. А этот формат как раз позволяет делать анализ большого количества точек за один запуск. За один раз можно прочитать 4 таких слайда, то есть 12 тысяч точек – отсюда и название прибора.

Новые возможности с применением OpenArray

Вот один из примеров использования такого формата под фармакогенетику: 16 образцов можно использовать за один раз, на 150 точек посмотреть по метаболизму в различных генах и соответственно получить результат. По специальной программе «ДрагМетаболизм» можно провести анализ этих метаболитов и посмотреть, насколько хорошо препарат «переваривается» в организме.

Другой пример: анализ микроРНК – в данном случае это была легочная карцинома: весь профиль экспрессии делался на слайде OpenArray.

Готовые решения для новых задач

Вот варианты, которые мы предлагаем: есть готовые решения, например, панель для микроРНК, такие панели охватывают все микроРНК, которые на сегодня являются важными – это порядка 750 шт. открытых микроРНК. Они все туда «поставлены»: есть человеческая, мышиная и пр.

Есть различные экспрессионные панели – например, воспалительные пути. Есть фармакогеномные панели. Они могут быть на 158 точек или на меньшее количество точек и большее количество образцов.

Самая популярная – панель «кастомизированный заказ»: можно скомпоновать количество образцов и количество точек в зависимости от того, что нужно посмотреть – возможности есть от самого дешевого до дорогого форматов. Отметим, что сам формат одинаков по цене, вопрос – сколько их компания предлагает приобретать: «сварить» 16 точек на 100 образцов или 200 точек на меньшее количество образцов – это разные трудозатраты.

Новое поколение: знают пользователя в лицо

В 2019 г. мы запустили новый очередной прибор – тоже QuantStudio 6 Pro и QuantStudio 7 Pro.

По сути приборы эти сменят приборы «6» и «7». На картинке можно увидеть, как они соотносятся – QuantStudio 1, 7 Pro и 12: «6» и «7» имеют одинаковый форм-фактор. Это новые приборы, до сих пор их запускаем, так как еще не все форматы вышли, например, не вышел формат с TaqMan OpenArray картами, но основные – 96, 96F и 384 – вышли.

По сути это QuantStudio 3 и QuantStudio 5, только с заменяемыми блоками. Остальные технические характеристики у них совпадают.

QuantStudio 7 Pro – это практически QuantStudio 5, за исключением заменяемых блоков. Заменяемые блоки автоматизированы, нужно последовательно нажать только ряд кнопок на приборе, блок выскочит из автоматизированного подающего устройства, вы поставите новый, и он будет работать. По остальным характеристикам – то же самое.

Также есть VeriFlex зоны на 96-луночных форматах, на 384-луночном нет. У QuantStudio 7 Pro – 6 зон, у QuantStudio 6 – три зоны. Соответственно, QuantStudio 7 Pro – шестиканальные, QuantStudio 6Pro – пятиканальные. У QuantStudio 7 Pro есть возможность подвижного светофильтра, которая позволяет создавать комбинацию из 21 краски.

Эти приборы были выпущены не только для того, чтобы предоставить потребителям большую компактность. Они оснащены технологией FaceID подобно современным смартфонам: в смартфонах есть датчик, а у этих приборов – камера, определяющая контуры лица, и датчик приближения. Это очень удобно с точки зрения, например, обеспечения безопасности или информационной защиты на производстве, если на предприятии либо в лаборатории есть регламенты по функциям и у разных сотрудников есть разные права по работе на таких приборах.

Если сотрудник с «неразрешенным» статусом подойдет к прибору, прибор просто не «проснется». Если же приблизится тот, у кого есть допуск, прибор выйдет из спящего состояния и будет готов к работе.

Прибор может управляться стандартно вручную, открывать механизированный реакционный блок, а можно управлять голосом. Одним словом, в приборе интегрировано много различных функций. У него есть динамики, он даже «отвечает» благодаря наличию интегрированных систем типа «Алисы» или «Сири». Есть подключение к интернету, Wi-Fi модуль, куда вставляется Wi-Fi адаптер. Есть функция удаленного управления: с прибора можно напрямую отправить различные лог файлы, если что-то пошло не так, и сервисный инженер в режиме удаленного доступа сможет проверить, есть ли в работе прибора неполадки и какие именно, а также направить прибору сервисные команды.

У него автоматизированная замена реакционных блоков. Можно заменить 96-луночный блок на 384 или 96F. В зависимости от номера модели присутствует либо трехзонный, либо шестизонный VeriFlex. У него до 6 каналов детекции, источник света – светодиод тот же самый.